Yhdistys voi hallituksen ehdotuksesta kutsua kunniajäsenekseen kotimaisen tai ulkomaisen henkilön, joka on ansiokkaasti edistänyt yhdistyksen tarkoituksia. Päätökseen vaaditaan vähintään 2/3 yhdistyksen kokouksessa annetuista äänistä.
SLGY:n kunniajäsenet:
- Kristiina Aittomäki
- Pertti Aula
- Albert de la Chapelle †
- Märta Donner
- Peter Harper †
- Ilkka Kaitila
- Victor McKusick †
- Jaakko Leisti
- Harri Nevanlinna †
- Reijo Norio
- Leena Palotie †
- Jaakko Perheentupa
- Kari Raivio
- Pirkko Santavuori †
- Marja-Liisa Savontaus
- Marjatta Sipponen
- Esko Suomalainen †